故事情节：故事开始于北京圆明园。深更半夜，一个婢女在一名御医保护下，袭击了雍正皇帝的寝殿，使之雍正皇帝暴毙，人头数丢失，安葬时用一颗金头替代。
乾隆皇帝称帝，马上多方面密秘查证暗杀雍正皇帝的人。数番搜察以后，雍正时期文字狱最大的冤主吕留良家族的唯一活口吕四娘被视为恰好是割走雍正皇帝人头数的人。（吕四娘从文字狱案逃离却被江湖上赫赫有名的独臂神尼收为弟子学武，长大以后本领颇为绝佳。）乾隆皇帝严命“雍正皇帝无头案”不可泄露一点儿消息，并秘命内廷四大护卫南进抓捕吕四娘。在其中带头者为一等护卫伊尔根。吕四娘那时候正与御医曹太虚奔波南方某个小城里，从医街头卖艺。雍正皇帝晚年时期尊崇金鼎秘术时，曹太虚本是皇上身边的异人之一。
乾隆皇帝对本案满怀信心，又派使者马不停蹄传旨到南少林，要南少林派兵暗地里密查吕四娘和曹太虚降落，讨回雍正皇帝的人头数。使者寻找南少林的老组织玄通高手，将皇帝钦赐的龙牌交予他，凭龙牌做事，不得有误。
这时南少林寺内已经如火如荼提前准备一次三十六房主持的竟选，此次竟选实际意义非同一般：谁当上三十六房组织，便成为南少林武学第一，其实就是大半个中国武功第一。寺内左右都清楚最有能力者非方世玉与云明二人当属。
使者建议谁最后成为获胜者，谁就可凭龙牌捉人。但玄通搞清楚依照比拼标准，世玉和云明进到最终对决必定一死一伤，并且也耽误圣命。玄通决然公布，二人较量南拳七十二式点到为止，谁获胜谁就能凭借龙牌去执行朝中交到任务。云明知道武学略输世玉，本来想在后面的较量中动手脚诬陷世玉，以斩获组织之职。遭遇突然地变化，他见机行事，索性在较量中败在世玉手底下。他更想趋之如骛，在世玉查证吕四娘行迹的路上击杀世玉，并陷害给吕四娘。那样他可稳妥坐在三十六房组织之职。
方世玉邀约二位老友——“武林老千”卓灵和“神偷”赵大宏（在第一部中本提到大宏已死，但世玉等发觉棺材中是空的，大宏死而复活。疑似三德和尚解救了大宏）一起踏上征程。世玉的师恩、三十六房的创办人三德和尚已经被赶出南少林，获知世玉接纳朝中分派每日任务交通出行的消息后，悄悄的追随世玉一行，暗中相助。
泉州市县令温荣玉外号“玉虎”，与云明串通，欲在途中谋害方世玉。原先他和云明都了解世玉背上的一个秘密，那就是刺在身上的一张“宝藏地图”。明朝正德年间，日寇在南少林寺山上埋下了一批至宝，十分值钱。知悉此事的三德和尚将宝藏地图印在世玉的后背上，并没有留下任何团本。因此杀掉了世玉，云明可获得组织之职，玉虎可手里拿着人皮地形图起获至宝。一举两得的事，只有联合赢面较大。
云明和玉虎想从世玉身旁的知心朋友着手，因此设计方案欲收买卓灵和赵大宏。卓灵和赵大宏知道宝藏图，却隐瞒对此事不知道内幕的世玉，打起了自已的小算盘：好产品干啥不自己存着？另一方面，三德和尚本次追随世玉的重要目地其实是为了维护宝藏图未落人别人之手——其实他并不是真真正正被赶出少林寺，而由玄通高手暗地里安排到寺外策应南少林，并维护这批至宝。
世玉一路乔装，和卓灵、赵大宏探寻吕四娘降落，总算在三德的暗中帮助下看到了吕四娘和曹太虚的行迹。吕四娘与世玉几回交锋，被世玉的旷世气场所吸引，欢心萌芽。世玉还对吕四娘有好感，并和卓灵剖析吕四娘有可能是被人陷害。卓灵见世玉偏向美女杀手，大幅发脾气。似乎是与此同时，伊尔根带头的四大护卫也寻找吕四娘的所属。他诧异发觉南少林徒弟也搅合在这件事中，并发觉世玉手中有皇帝钦赐的龙牌，令他没法着手。此际，他才明白原先皇帝早已存着一手：让她们四大护卫和南少林僧人一明一暗，查证人头数，殊路同归。因而，伊尔根怕世玉抢它的头功，他想要在抓捕吕四娘中途想与此同时击杀世玉，坐拥此功。但是他万万没想到，已然方世玉杀人灭口之时，吕四娘关键时刻救世玉一命。
云明和玉虎一伙也跟踪宝藏图到此。赵大宏和卓灵与云明和玉虎互斗，目的维护世玉的同时还瞒报着他们两人对于那些至宝的欲望，因此也累也不便也开心，神偷赵大宏差点被云明诬陷，中毒了后不省人事，卓灵为救大宏更被云明推下悬崖。四方恩怨时，乾隆皇帝第一次下江南赶到海宁市。他恰好是为了雍正皇帝无头案而成。他清晰吕四娘的可耐，为了能迅速处理这个案子，他各自接见世玉和伊尔根，下重赏，同意如果谁达到目标，就能得到八方来财和承袭四品官衔。
吕四娘和曹太虚也赶来海宁市，刺杀乾隆皇帝，终因乾隆皇帝也武功高强而未能取得成功。曹太虚放弃，吕四娘受伤而逃。世玉也暗地里保护了吕四娘，阻拦了袭击的护卫。世玉也为四娘治伤，还上了那一次四娘救他一命的人情。这件事很快就被灵敏的伊尔根发觉，汇报皇帝。乾隆皇帝勃然大怒，安身立命闽浙总督全力以赴追捕二人。
世玉只能丢下自身的好友，与吕四娘一起逃跑。在逃跑环节中，吕四娘对世玉讲出了自己暗杀雍正皇帝的前因后果。世玉要她考虑到社稷友谊、老百姓平静相对稳定的关键，劝她投案自首。吕四娘听不进世玉劝诫，两个人分歧忽生，边争吵边闹矛盾边逃走。
在患难与共的路上，吕四娘无可救药地喜欢上了世玉……最终四娘申明仅仅是为了世玉的安全才去朝中自首。但是被乾隆皇帝在押之后，吕四娘却获知皇帝并没遵守承诺放了世玉，反倒都将世玉押入牢房。吕四娘勃然大怒，苹果越狱逃离并劫狱解救世玉，两个人承诺一起去广东。
乾隆皇帝对于此事十分气愤，找上南少林兴师问罪，如果不能在限制时日内抓回两个人，就要取玄通大师的头颅。频繁落空杀不上世玉的云明逮此机遇，干脆将玄通监禁下去，自命为南少林组织，并把玄通交到皇帝。皇帝想不到会南少林能出此内杠，猜疑云明的行为。在玄通的一番表述点拔下，乾隆皇帝搞清楚了事儿的来龙去脉。他一声令下恢复玄通的主持部位，但仍然表明假如这个案子不易出现，不抓到世玉四娘二人，就需要灭掉南少林！云明仓皇出逃，更声嘶力竭地去找世玉拼了命，三德和尚在维护世玉里被云明的袖箭毒伤，命但是三天。云明被抢救着急的吕四娘就地解决，一命呜呼。
三德临死前把所有的密秘和诡计对世玉和盘托出，难过失落的世玉遵循师傅的遗书，让吕四娘将宝藏图绘下，根据玄通高手送给皇帝，挽救南少林。与此同时交到玄通高手一封信，表明要自己始终离去南少林，和吕四娘一起去广东树林海畔日常生活。
